Les Zones Naturelles de Libourne La commune de Libourne possède trois ZNIEFF (Zones Naturelles d'Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique) de type 1 et une ZNIEFF de type 2.
ZNIEFF de type 1 :
- Frayère de Chantecaille : zone correspondant à une frayère d'esturgeons.
- Zone Bocagère de la Basse Vallée de l'Isle : cette zone, très humide possède un intérêt ornithologique et piscicole (frayère de brochets).
- Frayère de la Corbière : cette zone correspond à un cours d'eau lent abritant une frayère d'esturgeons.
 ZNIEFF de type 2 :
Vallée de l'Isle (tronçon de Libourne à Guitres) : elle corespond à des milieux humides très répandus au niveau régional. Cette ZNIEFF présente un peuplement d'oiseaux très diversifiés. Les prairies inondables présentent des espèces rares ou peu communes à la région. L'intérêt paysager y est important.
SIC :
On recense également sur la commune deux SIC (Sites d'Importance Communautaire) définis par la Directive Habitat : ce sont les SIC de la Dordogne et de Vallée de l'Isle (de Périgueux à l'embouchure à Libourne).
- La Dordogne est considérée comme un cours d'eau essentiel à la conservation des poissons migrateurs. Elle a été proposée comme SIC en juillet 2003.
- La Vallée de l'Isle, de par la richesse de ses boisements et de ses prairies inondables, ainsi que la présence du Vison d'Europe, a été proposée comme SIC en mars 1999. | 
